選擇合適的營養(yǎng)物質(zhì)所有微生物都需要培養(yǎng)基含有碳源、氮源、無機鹽、生長因子、水和能量。但由于微生物營養(yǎng)種類復(fù)雜，不同的微生物對營養(yǎng)物質(zhì)的要求也不同，因此首先要根據(jù)不同微生物的營養(yǎng)需求，配制針對性的培養(yǎng)基。自養(yǎng)微生物可以合成糖類、脂類、蛋白質(zhì)、核酸、維生素等復(fù)雜的有機物質(zhì)。它們需要簡單的有機物質(zhì)，因此自養(yǎng)微生物的培養(yǎng)基可以(或應(yīng)該)由簡單的無機物質(zhì)組成。

MS培養(yǎng)基中含有大量的元素、微量元素和有機物，有機物包括甘氨酸、維生素B1、維生素B2、煙酸、肌醇、蔗糖、瓊脂等。尤其是植物生長調(diào)節(jié)物質(zhì)如生長素和細胞分裂素，并且微生物培養(yǎng)基不含植物激素。MS培養(yǎng)基含有氨基酸如甘氨酸、碳源如蔗糖、維生素B1和維生素B6。并非所有的氨基酸都存在于微生物培養(yǎng)基中，有些微生物在生長發(fā)育過程中可以自行合成，可以省略。有些微生物合成能力有限，可以添加更多的氨基酸。

MS培養(yǎng)基中有大量的無機鹽，微生物培養(yǎng)基需要更多的有機物。而且大部分微生物培養(yǎng)基都具有選擇功能，N/C源中可能只有一種MS培養(yǎng)基，在應(yīng)用中需要頻繁更換，不使用微生物培養(yǎng)基。

在培養(yǎng)基中加入還原物質(zhì)如抗壞血酸、硫化氫、半胱氨酸、谷胱甘肽和二硫蘇糖醇可以降低F值。根據(jù)對環(huán)境微生物細胞結(jié)構(gòu)的分析，環(huán)境微生物所需要的營養(yǎng)元素之間的關(guān)系是：水& gt碳源能源。氮源>;p/s  >。k/mg>。生長因子。

培養(yǎng)基中營養(yǎng)物質(zhì)的濃度比也直接影響環(huán)境微生物的生長繁殖和代謝產(chǎn)物的形成積累，其中C/N比影響較大。